北京大学第三医院口腔科于1958年开院时设立，建立之初，仅有三台牙科综合治疗台，经过60多年的发展和科室几代人的共同努力，目前已经发展为口腔内科（牙体牙髓、牙周、口腔黏膜、儿童口腔）、口腔颌面外科、口腔修复、口腔正畸各专科齐备，医、教、研并重，人才梯队完整的现代化科室。

北医三院口腔科目前设置院本部、机场院区分部、北方院区分部、党校院区分部、二门诊分部共计五个分部，其中院本部共设置54台口腔综合治疗台，分为五官科楼二楼诊区和九楼诊区；机场院区分部设置10台口腔综合治疗台；北方院区分部设置17台综合治疗台；党校分部设置3台口腔综合治疗台；北医三院第二门诊部分部设置5台口腔综合治疗台。目前科室配备先进的牙科锥形束CT机3台、数字化牙片机及数字化曲面断层机等口腔数字化影像设备近10台、根管显微镜近10台、口腔数字化医疗设备多套，各分部均设置完备而先进的消毒室设备，国内领先的科室信息化管理系统等，现代化的硬件配置不仅保证了医疗质量的提高，同时也为科室的进一步发展提供了强有力的支持。